食品微生物检测主要包括以下几个方面：

菌落总数：

检测食品中细菌的总数量，以评估食品的卫生状况。

大肠菌群：

检测食品中大肠杆菌等肠道细菌的数量，判断食品是否存在污染情况。

沙门氏菌：

检测食品中沙门氏菌的数量，以防止食物中毒的发生。

金黄色葡萄球菌：

检测食品中金黄色葡萄球菌的数量，以评估食品的安全性。

霉菌和酵母菌：

检测食品中霉菌和酵母菌的数量，以判断食品的变质情况。

其他微生物：

包括病毒（如肝炎病毒、猪瘟病毒等）和寄生虫（如旋毛虫、囊尾蚴等）。

致病菌：

包括肠道致病菌和致病性球菌，如沙门氏菌、志贺氏菌、金黄色葡萄球菌、致病性链球菌等。

霉菌及其毒素：

对产毒霉菌进行检验，如黄曲霉、寄生曲霉、橘青霉、岛青霉、串珠镰刀霉、禾谷镰刀霉等。

病毒：

如肝炎病毒、猪瘟病毒、鸡新城疫病毒、马芷克氏病毒、口蹄疫病毒、狂犬病病毒、猪水泡病毒等。

寄生虫：

如旋毛虫、囊尾蚴、猪肉孢子虫、蛔虫、肺吸虫、弓形体、螨、姜片吸虫、中华分枝睾吸虫等。

此外，食品微生物检测方法还包括酶联免疫分析技术、聚合酶链式反应技术、荧光定量检测技术和胶体金免疫层析技术等快速检测方法。这些方法具有不同的优势，如高灵敏度、高特异性、操作简便等，适用于不同的检测需求和场景。

食品微生物检测是确保食品安全的重要手段，可以有效防止或减少食源性疾病的发生，保障人民的身体健康。通过这些检测，可以评估食品的卫生质量，判断食品是否适宜消费，并为食品卫生管理工作提供科学依据。