超市最怕的检查主要包括以下几方面：
市场监督管理局的检查：
市场监督管理局负责食品安全和质量安全，他们有权对超市的食品进行检查，确保超市的经营行为合法合规，食品质量符合国家标准。如果超市被认定为虚假经营或销售不合格食品，将面临严重的法律后果。
食品安全监管局的检查：
食品安全监管局专注于食品安全的监督管理，他们会检查超市是否有食品检验报告和合格证明，确保销售的食品符合食品安全要求。缺乏这些证明文件可能导致超市受到处罚。
城管综合执法人员的检查：
城管综合执法人员负责市容市貌的维护，他们可能会检查超市的店面是否整洁、是否有占道经营等行为，这些行为可能影响超市的正常经营和市容形象。
卫生监督所的检查：
卫生监督所负责检查超市的卫生状况，包括食品储存、加工、销售等各个环节的卫生情况，确保超市符合卫生标准，防止疾病传播。
消防大队的检查：
消防大队负责检查超市的消防通道和消防设施，确保超市具备必要的安全设施，防止火灾等安全事故的发生。
综上所述，超市最怕的检查主要是市场监督管理局和食品安全监管局的食品安全检查，以及城管综合执法人员的市容检查。为了确保合规经营，超市应严格遵守相关法规和标准，加强内部管理，确保食品质量和经营行为的合法性。
