食品经营许可证允许出售的食品种类如下：
预包装食品销售：
包括含冷藏冷冻食品和不含冷藏冷冻食品。
散装食品销售：
包括含冷藏冷冻食品、不含冷藏冷冻食品、含散装熟食销售、不含散装熟食销售。
特殊食品销售：
涉及保健食品、特殊医学用途配方食品、婴幼儿配方乳粉和其他婴幼儿配方食品。
其他类食品销售：
包括一些小众或新出的食品经营种类。
热食类食品制售：
如小饭馆炒菜、做汤等现做现卖的热乎饭菜。
冷食类食品制售：
如凉拌菜、寿司等生冷的吃食。
生食类食品制售：
如生鱼片、蔬菜沙拉等生食的加工售卖。
糕点类食品制售：
包括含裱花蛋糕和不含裱花蛋糕的面包、蛋糕等。
自制饮品制售：
如咖啡店制作咖啡、酒吧调酒、奶茶店制作奶茶等。
其他类食品制售：
涉及一些比较小众或者新出的食品经营种类。
根据以上信息，持有食品经营许可证的商家可以出售上述所有类别的食品。需要注意的是，特殊食品如保健食品在销售前需要符合特定功能和剂型的要求，例如增强免疫力、辅助降血脂、辅助降血糖等，并且某些剂型如片剂、胶囊剂、口服液等需要符合相应的食用安全和剂量标准。此外，如果涉及现场制作热食或冷食，还需要额外办理相应的餐饮服务许可证。
