食品中存在的问题主要包括以下几个方面：

微生物污染：

食品在生产、加工、储存和运输过程中，可能会受到细菌、病毒或其他微生物的污染。这些微生物在食品中生长繁殖，可能产生毒素，对人体健康造成危害。例如，沙门氏菌、金黄色葡萄球菌等污染的肉类、蛋类产品。

化学污染：

食品中存在农药、兽药、添加剂等化学物质残留，长期摄入可能对人体健康造成慢性危害。例如，某品牌大米被检测出含有过量的镉元素，长期食用可能导致肾脏损害。

物理污染：

食品中混入的杂质、异物等，如金属碎片、玻璃碴等，可能导致消费者受伤。例如，某品牌糖果中被发现含有细小的金属碎片，引发消费者恐慌。

食品掺伪：

不法商贩为追求利益，用低质、低价的原料冒充优质原料，或添加违禁成分。例如，某地查处一起用猪肉冒充羊肉制作烤串的案件。

食品加工不当：

食品在加工过程中，由于操作不当或设备不洁等原因，导致食品受到污染。例如，某熟食店因加工环境脏乱，导致消费者食用后出现食物中毒症状。

假冒伪劣食品：

假冒品牌、伪造生产日期、保质期等违法行为，严重损害消费者权益。例如，市场上存在假冒伪劣的零食、饮料等。

环境污染和化学污染：

由于环境污染和化学污染所导致和存在的食品安全问题，如农药残留、化肥过量使用、生长素的滥用、非食品添加剂和化工制品的不合理使用和超标准使用等引起的污染问题。

农业种植和养殖业的源头污染：

农药、兽药滥用造成在食品中残留量过高的问题十分突出。例如，蔬菜、果品农药残留严重超标。

食品加工企业的不规范行为：

一些食品加工企业和产业进行违纪、违规和违法生产，在生产过程中使用食品添加剂或化工制品严重超标和过量，生产环境恶劣所造成的严重污染，消毒和灭菌不彻底等。

违法生产、经营食品：

主要集中在一些中小城市、乡镇，生产出不合食品卫生标准要求的产品可造成食物中毒。

食品添加剂问题：

随着科学技术水平的提高，各种各样的食品添加剂被研制出来，但食品添加剂对人体是存在副作用的，一旦人体积累的添加剂含量超标，就可能导致身体出现问题。

转基因食品问题：

转基因食品的安全性问题一直备受争议，其对人体健康的影响尚无定论，需要进一步研究和探讨。

食品安全标准体系滞后：

我国的食品标准，无论与食品安全形势的实际需求，还是与国际食品安全基本标准相比，还有较大差距。

检测水平低：

食品安全检验检测机构稀缺，影响了食品安全的监督力度和震慑威力。

食品流通环节经营秩序不规范：

食品经营企业小而乱，溯源管理难，分级包装水平低，甚至违法使用不合格包装物。有些企业在食品收购、储藏和运输过程中，过量使用防腐剂、保鲜剂。部分经营者销售假冒伪劣食品、变质食品。

食品安全保障队伍素质有待提高：

食品生产、经营与管理机构中，懂得食品安全专业知识的技术人员极其匮乏，无法对与食品安全技术有关的法规、标准的制定提供科学依据，缺乏监测网络和实验室分析手段。

综上所述，食品中存在的问题多种多样，涉及从原料采购到加工、储存、运输、销售等各个环节。解决这些问题需要政府、企业、消费者以及社会各界的共同努力，加强监管、提高食品安全意识、完善法律法规，并推动科技创新以减少对食品安全的威胁。