选择食品工程的科研机构时，可以考虑以下几个因素：

学术声誉和研究实力

农业大学：如中国农业大学的食品科学与工程专业，国内顶尖，拥有丰富的师资力量和先进的教学设施，考研排名一直名列前茅。

科学研究院所：如中国农业科学院的食品科学研究所，作为国内农业科研机构的顶级单位之一，提供了良好的科研平台和学术氛围。

专业方向和研究兴趣

教学及科研方向：包括果蔬加工理论与技术、畜产品加工理论与技术、粮油与植物蛋白加工理论与技术等。选择时要考虑自己的兴趣和研究方向是否与这些方向匹配。

实践机会和实验室设施

农业大学：如北京分校，提供全方位的食品科学学习与研究环境，拥有一流的实验室设备和实践基地。

科学研究院所：通常拥有较为完善的科研设施和实验条件，有利于开展深入的科学研究。

就业前景和发展空间

政府机构：如健康检疫所或卫生局，适合希望进入政府部门的毕业生。

食品加工企业：如双汇，提供实际工作经验和职业发展机会。

第三方技术服务公司：如宏韵医药，与国内外多所大学合作，提供实习和就业机会。

地理位置和生活方式

考虑自己所在城市或希望工作地点的科研机构的地理位置和生活方式是否适合自己的需求。

建议

如果重视学术研究和考研，中国农业大学及其北京分校是理想的选择。

如果希望从事实际应用和研发工作，可以考虑农业大学和科学研究院所。

如果希望获得更多实践经验和就业机会，可以考虑食品加工企业和第三方技术服务公司。

综合考虑以上因素，可以根据自己的职业规划和兴趣选择最适合自己的科研机构。