工厂食品安全证明的办理流程如下：
准备材料
企业营业执照或事业单位组织机构代码证复印件。
食品安全管理员培训考核合格证书。
法人身份证复印件、从业人员身份证复印件和健康证。
生产设备清单、食品生产工艺流程图。
食品安全管理制度，包括员工食品安全知识培训制度、食品进货查验制度、食品进货查验记录制度、从业人员健康检查制度和健康档案制度、食品退市制度、食品检查、存贮、运输制度等。
经营场所布局图、地理位置图。
委托代理人或指定代表的身份证明复印件（如适用）。
提交申请
可以通过当地市场监督管理局网站进行网上申请，填写《食品经营许可申请表》及提交相关材料。
或者亲自到当地市场监督管理局提交材料，包括填写完整的《食品经营许可申请表》及上述所有准备的材料。
等待审核
提交材料后，领取《材料接收凭证》或《受理通知书》，等待许可核准结果。期间可能需要配合食品药品监管部门进行现场核查。
领取证书
审核通过后，可领取《食品经营许可证》。领取证书时需提供相关领证材料，如单位介绍信或领证证明（如连锁单位集体领取）。
建议
提前准备好所有必需的材料，确保材料的真实性和完整性。
选择网上申请或现场提交的方式，提前了解并确认当地市场监督管理局的具体要求和流程。
在整个办理过程中，保持与监管部门的沟通，确保信息的及时更新和反馈。
