在水里养殖时，可以使用多种微生物菌种，它们各自具有不同的功能和作用。以下是一些常用的微生物菌种及其用途：

枯草芽孢杆菌：

这是一种益生菌，能促进水中有益微生物的生长，抑制致病菌，分解有机废弃物，改善水质，增加水中溶解氧含量，提高养殖动物的抗病能力。

地衣芽孢杆菌：

与枯草芽孢杆菌类似，也是一种益生菌，能抑制致病菌的生长，改善水质，促进养殖动物的健康生长。

丁酸梭菌：

产丁酸的益生菌，能提供能量，改善肠道环境，促进消化吸收，增强养殖动物的免疫力，预防和控制肠道疾病。

粪肠球菌：

常见的肠道菌群，在水产养殖中起到促进养殖动物肠道菌群平衡的作用，能抑制有害菌生长，改善肠道环境，增加养殖动物的消化吸收能力。

EM菌：

由多种益生菌组成的混合菌群，具有改善水质、分解有机废物、促进植物生长、增强养殖动物的免疫力等多种功能，广泛应用于水产养殖和农业。

光合菌：

包括光合细菌（PSB），能够在厌氧条件下进行不放氧光合作用，降解水体中的亚硝酸盐、硫化物等有毒物质，充当饵料、净化水质、预防疾病、作为饲料添加剂等。

复合芽孢杆菌：

一种耗氧菌，耐高温、耐挤压，能分解水体中的大分子颗粒，降低水体浓度，起到净化水质的作用。

硝化细菌：

自养型菌种，能有效降低氨氮和亚硝酸盐，主要作用是净化水质。

乳酸菌：

厌氧菌，不耗氧，可以分解小分子有机物，主要用来降低水体中的酸碱度，稳定水体的pH值，提高鱼虾蟹肠道消化酶的活性，促进营养物质的消化和吸收。

蛭弧菌：

寄生于其他细菌细胞内并能使其裂解的一类细菌，在水产养殖中用来净化水体，减少水体致病微生物数量，降低鱼虾蟹染病率和控制病害的发生。

这些菌种可以根据不同的养殖需求和水质状况进行选择和搭配使用，以达到最佳的养殖效果。建议在使用这些菌种时，先进行小规模的试验，以确定其效果和最佳使用条件。