发酵酸奶常用的菌种包括以下几种：

嗜热链球菌：

这是一种比较常见的发酵菌株，生长繁殖快，酸化活力高，发酵性能稳定，可以缩短酸奶的凝乳时间，改善产品的质地，并且是酸奶中主要风味物质的产生菌。

保加利亚乳杆菌：

这是重要的发酵菌株，产酸能力最强，适宜在酸性条件下启动生长，发酵速度快，耐酸性强，通常与嗜热链球菌配合使用。

乳双歧杆菌：

虽然生长缓慢，产酸能力弱，但它是人体肠道内重要的生理性有益菌，参与免疫、营养、消化和保护等一系列生理过程，具有生物屏障、免疫增强和改善胃肠道等功能。在酸奶中，乳双歧杆菌通常与其他菌种一起混合发酵。

植物乳杆菌：

具有良好发酵能力和益生功能，多用作辅助发酵剂，存活能力强，产酸能力高，耐盐，发酵过程中可产生乳酸杆菌素，具有抑菌作用。它还属于公认的益生菌，具有免疫调节、降低血清胆固醇含量、维持肠道内菌群平衡及吸附重金属等功能。

嗜酸乳杆菌：

具有耐酸、耐胆盐特性，存活率高，能够顺利到达肠道定殖，具有降低血脂、降低胆固醇、调节肠道菌群、提升机体免疫力等作用，被视为第三代酸奶发酵剂。

干酪乳杆菌：

具有降低胆固醇水平、控制腹泻、缓解乳糖不耐症等益生菌功能，其pH值范围较宽，因此能更顺利地到达肠胃，发挥益生菌功效。

建议

混合发酵：通常建议使用两种或两种以上的菌种进行混合发酵，这样可以提高酸奶的风味、质量及延长保质期。例如，经典的混合发酵会使用保加利亚乳杆菌和嗜热链球菌，而双歧杆菌混合发酵则会加入乳双歧杆菌。

选择菌种：根据具体需求选择合适的菌种组合，如需要增强免疫力的酸奶可以选择含有嗜酸乳杆菌和乳双歧杆菌的发酵剂。

发酵条件：确保发酵条件（如温度、pH值）适合所选菌种的生长，以保证酸奶发酵的顺利进行和最终产品的质量。