申请生态养殖基地的流程如下：

提出申请

向县级以上地方人民政府渔政部门提出申请，并提供相关资信证明材料。申报材料包括养殖申请表、申请人的身份证明或单位证明、资金来源证明材料、养殖技术条件说明以及法律、法规规定的其他证明材料。

审核与实地勘测

县级以上地方人民政府渔政部门在审核申请材料后，会进行实地勘测，确认符合条件的将颁发养殖证。

登记造册与公告

渔业行政主管部门对已颁发的养殖证应登记造册，并在颁证海域和内陆水域作图标志，及时向社会公告。

用地选址与备案

申请生态养殖的企业或个人需经乡（镇）人民政府同意，向县级畜牧主管部门提出规模化养殖项目申请，进行审核备案。涉及占用耕地的，要签订复耕保证书，原则上不收取保证金或押金；原址不能复耕的，要依法另行补充耕地。

环保与动物防疫

需要办理环境影响评估，确保养殖活动不会对周围环境产生过度污染。同时，需要获得动物防疫条件合格证和排污许可证。

办理其他相关手续

到县畜牧局领取《养殖场建设申请表》，经乡镇人民政府签章后，报畜牧局审核。还需到检验检疫局办理《动物防疫条件合格与环保证明》，到税务局办理《税务登记证》，以及到建设局申请《建设施工许可证》。

缴纳相关费用

如果养殖用地建设了永久性建筑，则还需要办理农业用地转建设用地的审批手续，并缴纳一定的使用费和造地费。

公示与批准

乡镇政府依据设施农用地管理的有关规定对经营者提交的资料进行审查，符合要求的，由乡镇政府报区政府审批。经区政府批准后，计划养殖者方可建设生产设施用地，并颁发设施农用地备案通知书。

建议：

在申请过程中，确保所有材料的真实性和完整性，并提前咨询相关部门，了解具体的申请要求和流程。

注重环保和动物防疫措施，确保养殖活动符合相关法律法规的要求。