处理养殖大棚违建的方法如下：

确认手续是否齐全

如果养殖大棚已依法取得必要手续并符合规划要求，但镇上仍要求拆除，首先应确认是否所有法定手续齐全。根据《城乡规划法》第六十五条，合法建筑不应被随意拆除。可以向县级以上政府申请行政复议或向法院提起行政诉讼，要求确认拆除决定违法并撤销该决定。同时，收集并保留所有与大棚建设相关的合法文件和证据，以便在维权过程中使用。

与政府协商

如果养殖大棚确属违建，拆除将带来重大经济损失，可以考虑以下途径：

与政府协商，看是否可以通过补办手续、缴纳罚款等方式转为合法建筑。

寻求法律援助，了解是否有减免损失或赔偿的可能。

评估损失，与政府协商制定合理的补偿方案。

尽快规划合法养殖场所，减少未来可能的损失。

停止违法行为

立即停止违法行为，停止种植活动，并对大棚内的农作物进行合理处理，确保不对环境造成二次污染。

拆除和清理

对于已经违建的大棚，要拆除和清理违建构筑物，恢复原来的自然环境。同时，要进行合法地规划和建设，合理安排农业种植活动。

处罚和整改

相关部门可以对违建大棚进行勘查和评估，确定其存在的违建情况和破坏程度。

根据具体情况，违建者可能会被处以罚款、责令停工整改、强制拆除等处罚措施。

对于严重违法违规建设，相关部门可依法提起诉讼，追究法律责任。

法律诉讼

如果养殖大棚被认定为违建，且当事人对拆除决定有争议，可以在规定的时间内申请行政复议或提起行政诉讼。根据《行政复议法》和《行政诉讼法》，当事人可以依法维护自己的合法权益。

规划合法养殖场所

尽快规划合法养殖场所，确保未来养殖活动符合法律法规要求，避免类似问题的再次发生。

通过以上步骤，可以妥善处理养殖大棚违建问题，减少经济损失，并确保合法合规地进行农业生产。