养殖合同的备案流程可能因地区和具体政策而异，但大体上包括以下几个步骤：

准备备案材料

养殖用地备案手续需要取得种畜禽生产经营许可证，并依法办理工商登记。

养殖场备案登记需要向当地农业行政部门提交申请，并提供动物防疫条件审查申请书、场地建构图、设备清单、工作人员详细情况等相关材料。

如果是特种养殖，可能还需要提供省级畜牧行政主管部门的审核意见和农业部门的核定文件。

提交申请

养殖户需向当地农业行政部门提交养殖备案申请，并经过村镇同意后，到畜牧部门办理养殖备案手续。

通过系统向所在地主管海关申请备案，需要登录“互联网+海关”平台或中国国际贸易“单一窗口”进行申请。

资料审查与核查

农业行政部门或海关收到申请后，会对提交的材料进行文件审核，可能需要进行实地核查。

申请人需确保申请材料填写准确、完整、真实、有效，并符合相关管理要求。

备案公告与许可

审核通过后，相关部门会发给动物防疫条件许可凭证，并对外公告备案信息。

对于出口食品原料养殖场，还需要进行海关备案，并通过系统查询备案号。

领取相关证件

办理完备案手续后，养殖户可以凭相关审批文件到工商行政管理部门申请办理登记注册手续，领取营业执照。

建议：

养殖户在准备备案材料时，务必详细列出所有相关文件和证明材料，确保材料的真实性和完整性。

提前了解当地农业行政部门和海关的具体要求和流程，以确保备案过程顺畅。

如果涉及特种养殖，建议先咨询省级畜牧行政主管部门，获取详细的审核和核定流程。