养殖小区的备案登记流程如下：
提交申请材料
养殖小区备案和畜禽标识代码申领申请表1份。
营业执照复印件1份。
《动物防疫条件合格证》复印件1份。
申请人身份证明。
申请受理
申请人向所在村委会提交书面申请，村委会向所在乡（镇）人民政府出具意见报告。
乡（镇）人民政府向畜牧兽医局提交备案报告和《张掖市规模化畜禽养殖项目登记备案表》等相关材料。
初审与受理
畜牧兽医局对提交的材料进行初审，符合受理要求的当场予以受理。
不符合受理要求的，要求补正后重新申请。
审查与审批
市畜牧兽医局组织专业人员进行审查，7个工作日内完成审查。
经审查符合法定条件、标准的，依法作出准予登记的书面决定，并颁发《畜禽标识代码证》。
不符合法定条件、标准的，不予登记，并告知申请人理由。
环保与检疫手续
向环保和检疫部门申请办理环保手续和动物防疫条件合格证。
取得生产经营许可证后，到畜牧局办理检疫证。
土地与工商手续
向国土部门申请养殖用地和备案。
取得备案后，到工商部门申请办理登记注册手续，领取营业执照。
建议：
申请人在准备申请材料时，应确保所有文件的真实性和完整性。
尽早向相关部门提交申请，以确保流程的顺利进行。
在整个申请过程中，保持与相关部门的沟通，及时解决可能出现的问题。
