申请合作社养殖许可的流程如下：
预约登记合作社名称
到所在地行政大厅工商局窗口进行预约登记，需携带5个人的居民身份证原件。
办理防疫合格证
前往所在行政大厅畜牧局窗口办理防疫合格证。
准备合作社资料
包括合作社章程，需包含5人出资明细及5人亲自签字；房屋产权证明；经营场所证明；5人身份证证明，必须有本村村委会盖章。
办理土地证明
到当地土管所办理土地证明。
办理环境评定证明
前往环保局办理环境评定证明。
办理5人户籍证明
到当地派出所办理5人户籍证明。
提交申请并等待审批
将以上所有资料递交给当地工商所，等待审批。审批过程可能需要65天，全部费用大约几百元。
办理其他相关手续
包括申领合作社法人营业执照、办理合作社公章、在农业局下属农经办办理登记、申领组织机构统一代码证、申领税务登记证、办理银行开户和账号等。
养殖用地申请
个人申请养殖项目，经村镇同意，到畜牧部门办理养殖备案手续，并到当地国土所申请办理养殖用地备案手续。国土所进行现场测量，出具相关证明，签订土地复耕协议，并报国土局审查备案。
环境影响评价（环评手续）
到当地环保部门咨询养殖场项目的环评要求，并领取建设项目环境保护审批咨询表。提交相关材料和申请表后，环保部门会进行审核，并出具环评批复文件。
以上步骤和所需材料可能因地区和具体情况有所不同，建议在申请过程中详细咨询当地相关部门并严格按照要求准备材料。
