在水里养殖时，可以选择以下几种药材：

大黄：

具有抗菌、收敛、泻下、清热、解毒、破积、去瘀、增加血小板、促进血液凝固等作用，用于防治烂鳃病、出血病及白头白嘴病等。

黄连：

以根状茎入药，味极苦，有抑菌、消炎、解毒功能，主要用于防治细菌性肠炎。

黄芩：

有抑菌、抗病毒、镇静、利尿、保胆、保肝、解毒、消炎及使血糖上升等作用，主要用于防治烂鳃病、疖疮、打印病、出血性败血病、肠炎、尾柄病等。

黄柏：

含小柏碱、黄柏碱、木兰碱以及黄柏内脂和黄柏酮等，以树皮入药，有抑菌、解毒、消肿、止痛等功能，可防治草鱼出血病。

苦楝：

根、茎、叶、果均可入药，含川楝素、生物碱、萘酚等，有杀虫、杀菌作用，用于防治寄生虫性鳃病及锚头鳋、中华鳋、毛细线虫、车轮虫、隐鞭虫等。

五倍子：

含大量鞣酸，能凝固蛋白质，有较强的杀菌作用，对革兰氏阳性和阴性细菌均有抑制作用，用于防治白头白嘴病、白皮病、赤皮病、疥疮病等。

板蓝根：

有抑制微生物活性、增强养殖动物抗病能力等功能，用于预防和治疗鱼虾疾病。

大蒜：

具有天然、安全、药效温和等优点，是无公害养殖的首选药物。

泽泻：

其根茎可以制成中药，具有不错的市场效益，可用于提高稻田产出效率。

浮萍：

可做中药的水生植物，例如三棱、水红花子、石菖蒲、谷芽（水稻）、泽泻、浮萍、水慈姑等。

这些药材不仅具有防治疾病的作用，还能增强养殖动物的免疫功能和改善肉质。在选择药材时，可以根据具体的养殖对象和疾病情况来选择合适的药材进行预防和治疗。同时，使用中草药时应遵循相关的使用说明和推荐剂量，以确保安全有效地使用。