养殖用发酵菌主要包括以下几种：
乳酸菌：
乳酸菌是一种在发酵饲料中广泛应用的细菌，能够产生乳酸，降低饲料的pH值，从而抑制有害微生物的生长，提高饲料的消化吸收率。常见的乳酸菌有同型乳酸菌、异型乳酸菌、兼性乳酸菌和双气乳酸菌等。
酵母菌：
酵母菌在发酵饲料中也有广泛应用，能够产生天然的酵母香味，增加饲料的适口性，同时还能分泌多种酶类，如蛋白酶、纤维素酶和半纤维素酶，促进营养物质的消化吸收。常见的酵母菌有酿酒酵母、假丝酵母和毕赤酵母等。
放线菌：
放线菌是一类能够分解纤维素的微生物，在发酵床中可以通过产生有益的代谢产物来改善养殖环境，减少氨气等有害物质的浓度。
芽孢杆菌：
芽孢杆菌是一种严格需氧或兼性厌氧的革兰氏阳性菌，能够分泌大量的蛋白酶、淀粉酶和脂肪酶，分解残饵和养殖动物的排泄物，净化水体，改善水质。常用的芽孢杆菌有枯草芽孢杆菌和深海芽孢杆菌等。
光合细菌：
光合细菌能够在厌氧条件下利用太阳光进行光合作用，产生有益的物质，如氨基酸和维生素，同时还能抑制致病菌的生长，提高养殖水体的水质。
硝化细菌：
硝化细菌主要参与养殖水体中的氮循环，通过硝化作用将氨转化为亚硝酸盐，再转化为硝酸盐，从而降低水体的氨氮浓度，改善水质。
这些发酵菌通过不同的代谢途径，在养殖过程中发挥着重要作用，包括提高饲料的营养价值、促进动物的消化吸收、改善养殖环境、增强动物的免疫力等。因此，合理使用这些发酵菌可以显著提高养殖效益。
