在水产养殖中，常用的菌种包括以下几种：

光合细菌 ：光合细菌（PSB）是地球上最早出现具有原始光能合成体系的原核生物，能在厌氧条件下进行不放氧光合作用。在水产养殖中，光合细菌能够降解水体中的亚硝酸盐、硫化物等有毒物质，充当饵料、净化水质、预防疾病，并可作为饲料添加剂。

芽孢杆菌：

芽孢杆菌是一种革兰氏阳性菌，好氧，能产生孢子。它们具有高活性的消化酶系、耐高温、抗应激性，可以降低水体中硝酸盐、亚硝酸盐的含量，改善水质，并快速在水体中形成优势有益微生物菌群，抑制病原菌和有害藻类。

乳酸菌：

乳酸菌是一类能利用可发酵碳水化合物产生大量乳酸的细菌。在水产养殖中，乳酸菌可以拌料内服或外泼，能调节肠道菌群平衡、分泌乳酸和消化酶、增强机体免疫应答、降低水体pH值、改善水质环境。

硝化细菌：

硝化细菌是能有效降低氨氮和亚硝酸盐的自养型菌种，主要作用是降低水体中的氨氮和亚硝酸盐含量。

EM菌：

EM菌（Effective Microorganisms）是由光合细菌、乳酸菌、酵母菌、放线菌等多种有益菌种复合培养而成的一种混合菌群。EM菌具有多种功能，包括改善水质、分解有机废物、促进植物生长、增强养殖动物的免疫力等，广泛应用于水产养殖和农业以提高生产效率和环境的可持续性。

其他菌种

枯草芽孢杆菌：

能促进水中有益微生物的生长，抑制致病菌，分解有机废弃物，改善水质，增加水中溶解氧含量，提高养殖动物的抗病能力。

地衣芽孢杆菌：功能与枯草芽孢杆菌相似，能抑制致病菌的生长，改善水质，促进养殖动物的健康生长。

丁酸梭菌：产丁酸的益生菌，能提供能量，改善肠道环境，促进消化吸收，增强养殖动物的免疫力，预防和控制肠道疾病。

粪肠球菌：促进养殖动物肠道菌群平衡，抑制有害菌生长，改善肠道环境，增加养殖动物的消化吸收能力。

乳杆菌属：如植物乳杆菌、嗜酸乳杆菌、保加利亚乳杆菌等，具有调节肠道菌群平衡、提高食物消化率、增强免疫功能、抑制病原菌等作用。

肠球菌属：如粪肠球菌，能定植于宿主肠道内表面，抑制多种致病细菌的生长和繁殖，提高饲料转化率，促进养殖对象的生长。

链球菌属：部分链球菌在水产养殖中也有应用，但需要注意区分和选择有益的菌种。

片球菌属：如乳酸片球菌，具有产酸能力，能快速降低环境pH值，调节水质，抑制有害藻类生长。

这些菌种在水产养殖中各有其独特的作用，合理使用可以显著改善水质环境，提高养殖效率和动物健康水平。建议根据具体养殖环境和需求选择合适的菌种进行使用。