养殖企业执法检查主要涉及以下几个方面：

废弃物处理

检查畜禽粪便、尿液等废弃物的收集、储存、处理和利用情况，是否建立了完善的粪污资源化利用体系。

核查养殖场污水处理设施运行状况，排放水质是否符合国家或地方排放标准。

空气质量

监测养殖场周边及内部空气质量，特别是氨气、硫化氢等有害气体浓度，是否会对周边居民生活产生影响。

土壤保护

检查是否在非法占用自然保护区、水源地、林地和耕地等建设养殖场、超范围养殖等情况，是否采取了有效措施防止土壤污染。

环评手续

核实养殖场是否依法办理了环境影响评价、排污许可证等相关手续。

证件和手续

检查养殖场的环评报告、营业执照和动物防疫合格证等证件是否齐全。

核实养殖场是否在禁养区，有无违规用地情况。

饲料和兽药使用

重点检查畜禽规模养殖场在饲料、兽药使用过程中是否存在违法行为，如使用违禁物质、滥用抗生素等。

动物防疫条件

检查养殖场是否符合动物防疫条件要求，是否取得《动物防疫条件合格证》，并核实动物防疫条件是否灭失。

养殖档案和标识

检查养殖场是否建立了完善的养殖信息档案，并按规定保存相关记录。

核实养殖场是否按规定加施畜禽标识。

免疫和检疫

检查养殖场是否有驻场兽医，是否按照规定进行国家强制病种免疫，免疫相关记录是否属实，发现疑似疫情是否上报。

核实养殖场出售动物是否向当地动物卫生监督机构申报，引入动物是否经过审批和隔离。

无害化处理

检查养殖场的无害化处理设施是否健全，是否按规定处理病死动物和畜禽废弃物。

执法监督和抽检

加强对养殖场的日常监督检查和抽检力度，检查企业生产条件、经营管理、产品质量是否符合要求。

对养殖场的粪污和臭气问题进行重点检查，确保有效处理。

违法处理

对检查中发现的问题，执法人员现场下达整改通知书，要求相关养殖场在限定时间内完成整改，并提交整改报告。

对违法行为进行严厉打击，如非法使用禁用物质、超剂量或超范围使用药物饲料添加剂等，并依法进行处罚。

通过这些检查，旨在确保养殖企业遵守环保法规，保障畜禽养殖业与生态环境保护的协调发展。