水循环养殖虽然具有许多优势，如节水、环保和高效率等，但也存在一些劣势，主要包括以下几点：

投资成本高：

建立一个完整的循环水系统需要大量的资金投入，包括水处理设备、监控系统等，这对于资金有限的养殖户来说是一个不小的挑战。

运营维护复杂：

循环水系统需要定期替换生物填料，应对突发情况，还需对水质进行监测和调整，这些都需要有一定技术基础的人员来操作，增加了管理难度和成本。

工艺复杂、能耗高：

循环水养殖系统运行的稳定性和系统总水量的平衡、生物滤池维护、过滤设备、投喂策略、养殖密度、水质检测、疾病的预防等都是息息相关的。由于大量使用用电设备，能耗偏高，运行成本相对较高。

养殖技术要求高：

工厂化循环水养殖采用高密度精养方式，养殖的都是高附加值鱼虾蟹类。在水质调节与监控、放养密度、饲料投喂时间、投喂量、病害预防等方面与传统池塘养殖有很大区别，需要专业的技术人员和完善的培训体系支持。

养殖品种要求高：

花大代价建设的工厂化循环水系统不可能养附加值很低的鱼虾，因此普通鱼类无法通过循环水养殖实现。

风险高：

RAS模式（循环水养殖模式）需要大量的基础设施投资，设备的维护和运营需要专业知识和技术支持。如果设备出现故障，可能会对养殖过程造成重大影响，甚至导致养殖失败。此外，RAS模式的封闭性使得一旦系统内出现污染源，可能会在整个系统中迅速传播和扩散。

综上所述，水循环养殖虽然具有许多优势，但其高投资、高能耗、高技术和高风险性使得部分养殖户望而却步。因此，在选择是否采用循环水养殖时，需要综合考虑自身的资金、技术和管理能力，并进行充分的评估和准备。