在水产养殖中常用的菌种包括以下几种：

光合细菌 （PSB）：光合细菌是一类能利用光能进行不产氧的光合作用的细菌，广泛存在于地球生物圈的各处。在水产养殖中，光合细菌能够降解水体中的亚硝酸盐、硫化物等有毒物质，充当饵料、净化水质、预防疾病，以及作为饲料添加剂等。

芽孢杆菌：

芽孢杆菌属于革兰氏阳性菌，好氧，能产生孢子。常见的有枯草芽孢杆菌和地衣芽孢杆菌等。芽孢杆菌能抑制致病菌的生长，改善水质，促进养殖动物的健康生长，并分解有机废弃物。

乳酸菌：

乳酸菌是喜生长于偏酸性环境中的需氧菌，可以在消化道内大量繁殖。乳酸菌通过分泌乳酸和消化酶增强养殖动物的消化吸收能力，并通过竞争抑制有害菌的生长，从而改善水质和增强免疫力。

酵母菌：

酵母菌是需氧菌，喜生长于偏酸性环境，可以在消化道内大量繁殖。酵母菌在与有害菌生存竞争中成为优势种群，抑制有害菌的生长，并通过分解有机物质改善水质。

硝化细菌：

硝化细菌是自养型菌种，可以有效降低水体中的氨氮和亚硝酸盐，从而改善水质。

蛭弧菌：

蛭弧菌是一种寄生于其他细菌细胞内并能使其裂解的细菌，常用于水产养殖中控制有害细菌的数量。

EM菌：

EM菌（Effective Microorganisms）是由多种益生菌组成的混合菌群，具有多种功能，包括改善水质、分解有机废物、促进植物生长、增强养殖动物的免疫力等。EM菌广泛应用于水产养殖和农业，以提高生产效率和环境的可持续性。

这些菌种在水产养殖中各有其独特的作用和用途，合理使用可以显著提高养殖效果和水质环境。建议根据具体养殖需求和水体状况选择合适的菌种进行使用。