稻虾养殖体系存在以下缺点：

生产模式陈旧：

长期自繁自育导致种质退化，盲目引种，出现“老头虾”或“铁壳虾”，产仔率虽高但难以精准投饵和分级捕捞。

工程设施不配套：

养殖环境差，如沟窄、沟浅、坡度小、不循环，灌排不分，水质差，有污染物和病菌，导致疾病容易传播。

饲料、肥料、药剂投入品短缺：

市场上专用投入品研发跟不上应用步伐，假冒伪劣产品充斥市场，影响养殖效果。

养殖规模小，密度低：

水的高度低，产出比低，难以形成规模化生产。

不能使用传统农药和除草剂：

对部分病虫害难以有效应对，影响小龙虾的产量和品质。

综合成本高，风险高：

需要使用饲料、微生物有机肥等，综合成本较高，且存在较高的风险。

机械化种养困难：

由于养殖环境和设施限制，机械化种养难以实现。

对水源要求高：

需要充足的水源，且个别天气条件下存在供氧需求。

品牌影响力缺乏：

稻虾共作产品缺乏统一策划、包装、品牌和宣传，与知名品牌相比竞争力不足。

自主创新不足：

在生产体系、技术体系、经营体系等方面缺乏创新性思考和特色化探索。

种养效益差异大：

新户和小养殖户生产管理跟不上，技术落实不到位，导致总体效益不理想。

良种繁育滞后：

青虾和小龙虾种质退化，传统水稻品种难以满足稻虾共作的要求。

田间工程不规范：

部分生产经营主体“重虾轻稻”，不规范开挖稻田，忽视规范化、标准化工程建设，影响稻虾共作效益。

稻秆处理不当：

收割后稻秆残留易导致水体发红发黑、亚缺氧，影响虾苗生长和成活率。

建议改进措施包括更新生产模式，改善养殖设施，选择优质投入品，提高养殖密度和规模化水平，合理使用农药和除草剂，加强品牌建设和技术创新，规范田间工程，以及正确处理稻秆等废弃物，以提高稻虾养殖的效益和可持续性。