在小棚养殖中，常用的菌种包括以下几种：

地衣芽孢杆菌：

这是一种有益的细菌，常用于水产养殖，包括小棚养虾。它能够改善水质，分解水中的有机物，减少有害物质如氨氮、亚硝酸盐和硫化物的积累，同时还能抑制病原菌，促进虾的健康生长。

乳酸菌：

乳酸菌是厌氧菌，具有降低及稳定水体pH、维持水体酸碱平衡的作用，能抑制病原微生物生长，调节胃肠道菌群平衡，提高食物消化率，增强机体免疫力。定期拌料内服可增加有益菌定植肠道数量，稳定肠道微生态环境，促进肠道健康。

丁酸梭菌：

丁酸梭菌可以修复肠道黏膜，促进有益菌定植肠道，并产生消化酶。定期拌料内服可增加有益菌定植肠道数量，稳定肠道微生态环境，促进肠道健康。

EM菌：

EM菌是一种混合菌，包括光合菌、酵母菌、乳酸菌等有益菌类，适合用于维持平衡菌相。它能抑制病原微生物和有害物质，促进养殖生态系中的正常菌群和有益藻类活化生长，保持养殖水体的生态平衡。

光合细菌：

光合细菌能在光照不足环境中提高作物光合作用，施入土壤后能迅速激活植物细胞活性，促进根系发育，提高光合作用和生殖生长能力。

酵母菌：

酵母菌可以发酵有机肥，疏松土壤，增加土壤保水性，扩大根系面积，增强光合，减少肥料使用量，提高产量，改善品质。

硝化细菌：

硝化细菌是出氨氮必不可少的细菌，生长周期比较缓慢，在养殖中用于稳定水质。

这些菌种在小棚养殖中各有其独特的作用，建议根据具体的养殖对象和需求，选择合适的菌种进行搭配使用，以达到最佳的养殖效果。