建立养殖基地需要办理一系列手续，以下是详细的流程和所需证件：

养殖用地证明

到国土资源局办理，符合养殖用地的可以办理。

环评手续

到环保局办理，需要环保部门人员实地考察，排污合格的养殖场才能通过。

规划意见

养殖场设计好建设图纸后，需到规划局审核。

立案备案手续

到发改委办理，建议与村委会一起办理，以便了解具体流程。

动物防疫条件合格证

在畜牧局办理，防疫到位的养殖场可以取得。

养殖场备案登记手续

到畜牧局办理，登记一下即可。

生产经营许可证

先让村委会证明，然后到畜牧局审核，最后到工商局办理。

野生动物驯养繁殖许可证

取得生产经营许可证后，到畜牧局办理检疫证，再到林业局办理。

土地规划许可证

需要个人申请，写养殖报告并递交村委乡镇盖章，再到畜牧局备案，最后到国土局申请。

建设施工许可证

在所有证件办好后，到建设局申请。

环保手续和动物防疫条件合格证

在畜牧部门养殖场备案之后，一定要到环保局拿到环保手续。

营业执照和税务登记证

动物防疫条件合格证审批下来后，可以到工商局办理营业执照，再到税务局办理税务登记证。

建设工程规划许可证

根据《中华人民共和国城乡规划法》，需要取得建设工程规划许可证，并严格按照规划要求进行建设。

设施农用地备案

向乡镇政府的相关部门提交设施农用地备案申请，并提供相关材料。

农业用地转建设用地审批

如果养殖场建设需要建设永久性建筑，需要办理农业用地转建设用地的审批手续。

建议：

在办理这些手续时，建议与当地的村委会、国土局、环保局、畜牧局等相关部门保持密切沟通，确保所有流程和证件都能顺利进行。

注意选址要符合养殖要求，避免在禁养区内建设，以免后期面临搬迁或拆除的风险。