当企业因环保问题被停产整顿时，应当采取以下步骤处理：

解除劳动合同与经济补偿

员工应解除劳动合同，并且社会保险缴纳至辞退（解除合同当月为止）。

从解除合同的次月开始，员工有权获得经济补偿，补偿标准为每年工作年限发给一个月工资，没有其他赔偿。

处理社保欠缴问题

如果用人单位存在欠缴社保的情况，员工可以与用人单位协商补缴。

若协商无果，员工可以通过劳动仲裁要求用人单位支付相应的补偿。

行政复议与行政诉讼

企业可以采取行政复议或行政诉讼的方式，要求撤销环保停产整顿的行政决定。

但企业需要确保自身的环保手续合法，若确实存在环保不达标的情况，则应积极整改，而不是试图通过法律途径撤销停产决定。

整改与监测

被停产整顿的企业应当在收到相关决定书后，立即制定整改方案，并在规定时间内提交整改方案及进度报告。

企业需确保在整改期间不超过污染物排放标准，并接受环境监测或委托监测机构进行监测，保存相关记录。

法律途径与救济

企业应积极与相关部门协商，寻求合理的解决方案。

若协商无果，企业可以在法定期限内通过法律途径，如申请行政复议或提起行政诉讼，来维护自身权益。

补偿标准与项目

补偿标准通常包括土地补偿、附属设施赔偿、停产停业损失、搬迁赔偿及奖励性补偿等。

具体补偿项目和标准需参照相关法律规定及地方政府的规定。

收集证据与协商

企业应收集所有能证明自身环保合规或积极整改的证据资料，并与相关部门进行协商，争取在最短时间内恢复生产。

综上所述，企业在面对环保停产整顿时，应依法行事，积极整改，并通过合法途径维护自身权益。同时，员工也应了解自身权益，通过合适的法律手段保护自己的利益。