面对环保工厂关停的情况，企业应当采取以下步骤来妥善处理：

收集证据

企业应首先收集所有能够自证清白的证据资料，包括环保设施的改进记录、合规文件、生产记录等，以备后续可能的协商或法律程序使用。

协商解决

尝试与作出关停决定的主管部门进行协商，探讨是否有条件达成整改后恢复生产的协议。

法律途径

如果协商无果，企业应在法定期限内通过法律途径维护自身权益。具体法律途径包括：

陈述和申辩：在行政处罚通知上载明的时间内行使陈述和申辩的权利。

听证：在行政机关处罚告知后三日内提出听证申请。

行政复议：在接到处罚通知后60日内申请行政复议。

行政诉讼：在行政复议期满后6个月内提起行政诉讼。

申请补偿

若企业是合法经营且符合相关标准，可以申请行政补偿。补偿内容通常包括：

土地使用权补偿

厂房设备补偿

拆迁费补偿

停产停业损失补偿等

员工赔偿

根据《劳动合同法》，企业需要对员工进行经济补偿。补偿标准通常为：

每工作一年支付一个月工资

不满一年支付一个月工资

不足六个月支付半个月工资

具体补偿金额应根据员工的实际工作年限和月工资水平计算。

清理与清算

企业需要进行财产清算，编制资产负债表和财产清单，制定清算方案，并报请股东会、股东大会或人民法院确认。

清算分配中应优先支付清算费用、职工工资、社会保险费用和法定补偿金，然后清偿公司债务，剩余财产按比例分配给股东或债权人。

注销公司

完成清算后，企业应依法注销公司登记，并在本地发布公司解散公告。

法律依据

在整个过程中，企业应严格依据《中华人民共和国行政处罚法》、《中华人民共和国劳动合同法》、《国有土地上房屋征收与补偿条例》等相关法律法规进行操作。

通过以上步骤，企业可以尽可能减少因环保关停带来的损失，并维护自身合法权益。建议企业尽早与相关部门沟通，了解具体的关停政策和补偿标准，以便更有效地进行应对。