企业因环保问题被停产时，需要采取以下措施进行处理：

环保整顿与验收

企业首先需要根据环保部门的要求进行整顿，确保所有环保设施运行正常，污染物排放达标。

整顿完成后，企业应向环保部门申请验收，以确认其符合环保要求并允许恢复生产。

员工安置与经济补偿

企业因环保问题被停产，可能需要与员工解除劳动合同并进行相应的经济补偿。

根据《劳动合同法》，企业应按照员工每工作一年的标准支付一个月工资的经济补偿金。

如果企业存在欠缴社保的情况，员工可以要求企业补缴社保费用。

设备维护与清理

停产期间，企业需对设备进行必要的维护和保养，避免设备因长期闲置而损坏。

对于需要清理的化学品和仪器仪表，企业应采取适当的清洁和清理措施，以便在重新投产时能够正常使用。

危险废弃物处理

停产过程中可能会产生危险废弃物，企业需按照相关法规将其转移至合适的危险废弃物处置中心进行处理，防止环境污染。

环保措施落实

企业在重新投产前应加强环保意识，落实各项环保措施，确保生产过程中不会产生新的污染。

企业应定期对环保设施进行检查和维护，确保其正常运行和达标排放。

法律途径与证据收集

如果企业认为环保部门的停产决定不合法或存在补偿问题，可以通过法律途径进行申诉或寻求补偿。

企业应收集相关证据，如生产记录、设备维护记录、环保设施运行记录等，以备后续可能的法律诉讼使用。

与政府部门的沟通与协商

企业应积极与环保部门沟通，了解具体的停产原因和整改要求，寻求合理的解决方案。

在符合法律规定的前提下，企业可以与政府部门协商补偿事宜，争取获得应有的经济补助。

综上所述，企业在面对环保停产时，应积极配合环保部门的要求进行整顿，同时做好员工安置、设备维护、废弃物处理等各项工作，并通过法律途径维护自身合法权益。