环保税开征存在的问题主要包括以下几个方面：

申报审核难

应税污染物种类繁多，包括大气污染物、水污染物、固体废物和噪声，税务机关难以通过传统的现金、发票、实物及账簿管理手段进行有效监控和审核。

实时监控难

环境保护税的计税依据涉及污染物排放量、污染当量数和分贝数等，这些数据需要环境保护部门提供，但仅靠这些数据难以保障税务机关实施税额确认权的正确性和真实性。

外部依赖度大

纳税人自行申报的数据在某种程度上依赖于环境保护部门核定的数据，两者数据重合度高，影响了申报的自核自缴效果。

风险应对难度大

污染物在生产过程中可能稍纵即逝，污染指标起伏不定，如何固定证据成为一大挑战，给纳税人违法调查带来困难。

基数确定不准确

环境保护税的征收基数是排污量和污染物排放浓度的乘积，由于数据采集、统计和监测手段的不完善，导致征收金额与实际污染程度不符。

征收依据不明确

企业应缴纳的环境保护税款的具体计算方法和依据不够明确，容易引发征收过程中的争议和纠纷。

与其他税种的衔接问题

环境保护税与其他税种（如资源税、排污费等）存在重叠和衔接问题，需要税务部门和企业进行协调，以确保税收政策的一致性和合理性。

征收责任不明确

环境保护税征管涉及多个部门和机构，征收责任不明确，导致协作和配合不畅，影响税收的有效征收和管理。

自动监测设备覆盖率低

自动监测设备的安装覆盖率低，且存在地方保护主义，导致部分符合筛选条件的单位未纳入重点排污单位名录，而部分不符合条件的单位却被纳入。

运行维护和数据监管不足

自动监测设备的运维频次不足、校准校验合格率低、故障未及时维修等问题频发，弱化了设备的效能，甚至存在篡改或伪造数据的情况。

委托监测数据的客观性和公正性存疑

中小企业多选择监测机构出具的监测数据进行申报，由于缺乏对第三方监测机构的监督，数据的客观性难以确保。

费改税制度不完善

环境保护税的征收比例总体较低，与费的征收相比，规范化、程序化和正当化方面存在欠缺。

国际通行税费制度未建立

环境税费制度尚未延伸到国际通行的温室气体控制领域，限制化石燃料利用的税费制度尚未建立，不利于减轻国际舆论压力。

税费制度对比性不明显

税费制度的对比性不明显，不利于促进环境友好型资源和产品的生产和利用，对于一些不可持续利用的产品，税费制度有待加强。

纳税人遵守能力不足

纳税人遵守相关规定的能力不足，环保部门与税务部门在税收执法中的协同动力不足，合作机制不畅，导致税收征管效率不高。

综上所述，环保税开征在多个方面存在问题，需要从完善法律制度、加强数据监控、优化征管机制、提高纳税人遵从度等方面进行改进和提升。