针对环保督查问题，处理方式主要包括以下几个方面：

立即停止生产并整改

企业在环保督察中被发现存在未履行环保“三同时”验收手续等问题时，应立即停止生产，并进行整改。例如，六安市裕安区环保局对未履行环保“三同时”验收手续的两家企业下达了停止生产监察通知，要求企业申请验收并经同意后才能恢复生产。

行政处罚

对于存在环境违法行为的企业，环保部门可以依法进行行政处罚。例如，天长市环保局对未履行环保“三同时”验收手续的 石油管材有限公司处以50万元的行政处罚，并要求该公司拆除燃煤锅炉、采取隔音降噪措施等。

缴纳罚款并进行环评

企业在整改过程中，需要缴纳罚款，并通过第三方进行环境影响评估，根据环评报告的指导安装环保设备。法律依据：《中华人民共和国环境保护法》第六十条。

面对面交流和指导

环保部门与企业负责人进行面对面交流，了解企业在整改过程中的困难和需求，并给予相应的指导和支持，确保问题得到彻底解决。例如，通过实地查看企业的生产环节、污染治理设施运行情况以及污染物排放监测数据等，及时发现潜在的环保问题。

整改情况的跟踪和检查

环保部门需对企业的整改情况进行跟踪和检查，确保整改措施得到有效执行。对于整改不力或拒不整改的企业，将依法采取严厉的处罚措施。

加强与其他部门的协作配合

环保部门应加强与其他部门的协作配合，形成执法合力，共同打击环境违法行为。

行政责任追究

对于环保违法行为，行政部门应及时予以处理，起到震慑作用，并加强行政过程规范化，确保行政机关依法公正行使职权。

加大环境治理投入

政府部门应加大对环保领域的投入，提升资金使用的合理性和效益，并在人力资源配备、技术装备等方面进行合理配置，支撑督察整改工作。

加强社会监督力度

强化对环保督察工作的社会监督，鼓励公众参与，及时发现问题，加强监督和意见反馈。

整改情况的“回头看”

通过组织信访案件“回头看”工作会议，制定整改方案和监督计划，确保整改措施落到实处。

综上所述，处理环保督查问题需要从多个方面入手，包括立即停止生产并整改、行政处罚、缴纳罚款并进行环评、面对面交流和指导、整改情况的跟踪和检查、加强与其他部门的协作配合、行政责任追究、加大环境治理投入、加强社会监督力度以及整改情况的“回头看”等。通过这些措施，可以有效推进环保督察问题的整改，确保环境违法行为得到及时有效的处理。