制药工程专业的毕业生可以选择在多个城市寻找工作机会，以下是一些主要的就业城市及其优势：

上海

上海作为中国的经济中心之一，拥有众多制药企业和研发机构，提供了丰富的就业机会。

上海的药品监督管理部门也较为集中，有利于从事药品监管和研发工作。

北京

北京在医学和制药领域具有极高的声誉，拥有众多知名的制药企业和研发机构。

尽管就业竞争激烈，但北京的高薪职位和广阔的发展前景吸引了许多制药工程专业的毕业生。

广州

广州是中国南方的重要城市，拥有多家制药企业和研发机构，市场前景广阔。

广州的生活环境和福利待遇也较为优越，适合从事药品生产和销售工作。

杭州

杭州是浙江省的省会城市，拥有众多制药企业和研发机构，尤其是生物医药领域。

杭州的生活环境和创业氛围较好，适合从事药品研发和管理工作。

苏州

苏州是中国的重要工业城市之一，拥有多家制药企业和研发机构，尤其在生物医药领域有较多的发展。

苏州的生活环境和福利待遇也较为优越，适合从事药品生产和销售工作。

南京

南京是江苏省的省会城市，拥有多家制药企业和研发机构，尤其在化学药品领域有较多的发展。

南京的生活环境和福利待遇也较为优越，适合从事药品生产和销售工作。

成都

成都是中国西南地区的重要城市，拥有多家制药企业和研发机构，市场前景广阔。

成都的生活环境和福利待遇也较为优越，适合从事药品生产和销售工作。

石家庄

石家庄是河北省的省会城市，拥有多家制药企业和研发机构，尤其在化学药品领域有较多的发展。

石家庄的生活环境和福利待遇也较为优越，适合从事药品生产和销售工作。

武汉

武汉是湖北省的省会城市，拥有多家制药企业和研发机构，市场前景广阔。

武汉的生活环境和福利待遇也较为优越，适合从事药品生产和销售工作。

天津

天津是中国北方的重要城市，拥有多家制药企业和研发机构，尤其在化学药品领域有较多的发展。

天津的生活环境和福利待遇也较为优越，适合从事药品生产和销售工作。

此外，还可以考虑以下一些国企和知名制药企业：

东北制药集团股份有限公司

华北制药集团有限责任公司

漳州片仔癀药业股份有限公司

天津药业集团有限公司

山东鲁抗医药集团有限公司

深圳南方制药厂

国营靖江葡萄糖厂

漳州片仔癀集团

丽珠医药集团股份有限公司

江西江中制药厂

河北制药集团

中国北京同仁堂集团公司

哈尔滨医药集团公司

吉林制药集团

山东新华医药（集团）股份有限公司

这些城市和企业为制药工程专业的毕业生提供了广泛的就业机会和发展空间。建议根据个人的兴趣、专业背景和职业规划，选择最适合自己的城市和企业进行发展。