基因工程存在的问题主要包括以下几个方面：

技术问题

基因转化率低：提高基因的转化率是植物基因工程中的关键问题之一。

再生能力差：建立高频再生的转化受体系统对于基因工程的成功至关重要。

基因表达调控困难：提高对转化外源基因的表达调控能力是实现基因工程目标的关键。

遗传稳定性差：确保转化外源基因的遗传稳定性是基因工程中需要解决的重要问题。

生物安全性问题

基因污染：外源基因的导入可能导致基因污染，引发遗传不可控的变异。

新型病原物出现：制造带有抗生素抗性基因或其他危险基因的新型微生物可能带来难以预料的后果。

生态平衡破坏：基因工程生物的扩散可能对生态环境产生不可逆转的破坏，如杂草化、基因扩散等。

人类健康风险：外源基因的引入可能对人体健康产生不良影响，例如诱导新的有害遗传性状或产生毒性物质。

伦理和社会问题

公众担忧：公众对基因工程的安全性和伦理问题存在担忧，担心可能带来无法预料的后果。

监管缺失：目前对基因工程的安全和伦理问题缺乏有效的监管机制。

社会接受度：基因工程的社会接受度有待提高，特别是在食品和医疗领域的应用。

经济问题

成本高：基因工程技术的研究和开发成本较高，影响其广泛应用。

投资风险：基因工程技术的研究和成果转化存在较大的不确定性，投资风险较高。

知识产权问题

技术垄断：目前基因工程技术的研究和开发往往由少数国家和企业垄断，存在技术垄断的问题。

专利纠纷：基因工程领域的专利纠纷较多，影响技术的健康发展。

综上所述，基因工程在技术、生物安全、伦理社会和经济等方面存在诸多问题，需要综合考虑和解决，以确保其安全、可控和可持续发展。