水利工程短板主要包括以下几个方面：

规划与管理问题

不完善的综合性规划：水源地选址和供应管路规划滞后，缺乏统筹考虑，导致部分地区供需矛盾突出。

技术标准欠缺：技术标准落后或缺乏强制执行力度，无法确保工程质量达到预期目标。

管理体制亟待改革：职能界限模糊、责权不清等问题导致协同作战效果差。

传统建设方式存在不足

过度依赖硬件设施建设：过去大量投入用于修建高大堤坝和引水系统，对生态环境保护、水资源节约和合理利用等软性建设的关注不足。

集中式供水体系亟待改善：传统集中式供水方式存在长输管道损失、污染风险增加及输配系统不稳定等问题，需要转向多元化供水模式。

应对气候变化与自然灾害挑战

水资源管理面临压力：气候变化导致降雨分布和数量难以预测，大型水利工程可能无法承受巨大冲击。

地质灾害风险增加：地震、泥石流等自然灾害频发，现有水利工程在设计时需更多考虑地质稳定因素。

生态环境保护缺失

生物多样性损失：部分水利工程建设忽略对野生动植物栖息地的影响评估，导致重要湿地消失和罕见物种减少。

治理后遗症问题突出：一些既有老旧工程治理效果欠佳，草木凋敝与土壤退化问题严重。

水利工程建设与运行问题

缺乏统一规划：许多水利工程建设以单项工程为主，缺乏全局规划，导致河洪、滩涂、水量、水质等问题无法全面解决。

水库建设对自然环境的影响：水库建设拦截水流，影响河流生态系统，造成大量破坏，并促进灾害风险。

水利工程安全隐患：过度利用地下水资源、工程质量不过关、维护保养不到位等问题引发安全事故。

水利工程维护不到位：许多水利工程缺乏定期维护检修，使用寿命缩短，造成损失和浪费。

水质问题：部分水利工程因污染和生态破坏导致水质恶化，水体富营养化问题严重。

灌溉制度不合理：农村地区常见的灌溉方式水效率低，容易引发水浪费问题。

发展不足与新技术引进缺失

水利工程建设缺乏新技术引进：许多工程使用的技术已经落后，维修和改进困难。

设施老化与防灾减灾能力不足

设施老化严重：部分水利工程设施建于上世纪六七十年代，存在安全隐患。

防灾减灾能力不足：现有水利工程防洪减灾能力不足，难以满足当地防洪需求。

水资源配置不合理

水资源时空分布不均：部分地区存在季节性缺水问题，而另一些地区水资源相对丰富但利用率不高。

水污染严重：部分水域存在严重的水污染问题，主要污染源包括工业废水、生活污水和农业面源污染等。

运行管理机制不完善

管理权责不清：水利工程管理体制存在诸多弊端，影响建设和管理效率和质量。

综上所述，水利工程短板涉及规划、建设、管理、生态保护等多个方面，需要全面系统地进行改进和提升，以确保水利工程的可持续运行和生态环境的可持续发展。