工程亏损的原因是多方面的，以下是一些主要原因：

回款慢或未收到工程款：

甲方以各种理由拖延付款，导致承包商的现金流紧张，甚至陷入违约和罚款的境地。

低价中标：

为了急于承接项目，部分承包商采取低价策略，结果导致中标价格低于成本，进而在项目实施过程中出现亏损。

人材机价格波动：

承包商未能准确判断材料和人工价格走势，导致成本增加。

资源配置不合理和管理混乱：

由于管理不善，导致资源浪费、效率低下，进而增加项目成本。

内部矛盾：

合伙人之间存在信任危机，精力内耗，无法集中精力推进项目。

政策和总包方问题：

政府政策调整或总包方决策失误可能导致工期延长或成本增加。

安全事故：

安全事故不仅会导致人员伤亡，还会产生高额赔偿，严重影响项目进度和声誉。

预算不准或不完整：

预算编制不准确，存在漏项，导致项目成本超支。

忽视隐形成本：

如居间费、窝工、停工、返工、二次搬运费等未计入预算，导致实际成本增加。

关系不到位：

不善于处理人际关系，导致项目进度不顺畅，影响收款。

无成本控制目标或不执行：

项目部没有明确的成本控制目标或目标执行不力，导致成本失控。

材料和构配件制度不全：

包括超额采购、人为操纵价格、质量不达标、收发制度形同虚设、不按定额发料等。

分包工程存在漏洞：

分包过程中管理不善，导致成本增加或质量出问题。

为了避免亏损，承包商应从以上方面入手，加强项目管理，合理配置资源，严格控制成本，并保持良好的合作关系。同时，要时刻关注政策动态，做好索赔准备，以应对可能出现的风险。