签订工程协议时，应注意以下几点：

合同内容的合规性

合同的签订必须与招投标文件所载的实质性内容一致，包括工程价款、投标方案、工程工期和质量标准等。任何背离这些实质性内容的行为都可能导致法律责任的承担。

专用条款的约定

建设工程合同通常分为通用条款和专用条款。通用条款适用于所有招投标建设工程，而专用条款则是针对具体工程建设的约定。专用条款的质量直接影响合同的整体质量，因此需要双方仔细协商并明确约定。在约定专用条款时，需要注意明确发包方和承包方的权利和义务分担、合同价款的方式和风险范围、合同工期的具体情形和顺延条件等。

合同价款的约定

合同价款是合同的核心要素之一，需要明确约定价格方式、风险范围等。常见的合同价款方式有固定价格、可调价格和成本加酬金价格，采用哪种价格方法由双方协商确定。如果采用固定价格，则应明确合同价款包括的风险范围。

合同工期的约定

合同工期的约定主要是确定具体的开工和竣工时间，并明确约定工期顺延的具体情形。例如，因发包人、监理工程师的原因和设计原因，停电、停水、停气及不可抗力原因造成的工期顺延以外的具体情形，如有人为的阻挠施工、非由于施工人的原因，设备、机械的突然损坏等，此等情形方可顺延。

隐蔽工程和中间验收

应约定中间验收的具体部位及验收的具体方式方法、验收程序、验收要求等。这对于保证建筑的安全性和质量性至关重要。

严格审查发包人资质等级及履约信用

对发包方主要应了解两方面内容：主体资格，即建设相关手续是否齐全；履约能力即资金问题。施工所需资金是否已经落实或可能落实等。对承包方主要了解的内容有：资质情况、施工能力、社会信誉、财务情况。承包方的二级公司和工程处不能对外签订合同。上述内容是体现履约能力的指标，应认真的分析和判断。

合同价款应注意

《协议书》第5条“合同价款”的填写，应依据建设部第107号令第11条规定，招标工程的合同价款由发包人、承包人依据中标通知书中的中标价格在协议书内约定。非招标工程合同价款由发包人承包人依据工程预算在协议书内约定。合同价款是双方共同约定的条款，要求第一要协议，第二要确定。暂定价、暂估价、概算价、都不能作为合同价款，约而不定的造价不能作为合同价款。

发包人工作与承包人工作条款应注意

双方各自工作的具体时间要填写准确。双方所做工作的具体内容和要求应填写详细。双方不按约定完成有关工作应赔偿对方损失的范围、具体责任和计算方法要填写清楚。

不可抗力

要量化不可抗力条款，明确在不可抗力事件发生时的责任分担和应对措施。

运用担保条件、降低风险系数

通过担保条件，如履约保函、质量保证金等，降低合同履行过程中的风险。

合同文本的仔细阅读和掌握

仔细阅读使用的合同文本，掌握有关建设工程施工合同的法律、法规规定。目前签订建设工程施工合同一般由协议书、通用条款、专用条款及合同附件四个部分组成。

合同形式与内容相符

合同的形式应与合同内容相符，确保合同的形式合法且符合相关规定。

重视黑白合同

注意避免签订黑白合同，即阴阳合同，确保合同内容的一致性和合法性。

合理限制三方协议、债权转让协议在分包合同中的应用

在分包合同中合理限制三方协议和债权转让协议的使用，避免因分包环节出现问题影响整个工程的进度和质量。

通过以上几点注意事项，可以有效降低工程协议签订过程中的风险，确保合同的合法性和有效性，保障工程项目的顺利进行。