基因工程的负面影响主要包括以下几个方面：

生态危机

基因重组：基因工程涉及基因重组（或异源DNA重组），可能导致重新组合出一种在自然界中尚未发现的生物性状，从而对现有的生态环境带来不良影响。

生物多样性减少：转基因生物的释放可能会对生态系统造成影响，打破原有的生态平衡。例如，抗虫害的转基因作物可能会对非靶标生物产生负面影响，导致生物多样性的减少。

基因扩散：转基因植物与野生植物之间的基因交流可能会产生不可预测的后果，这种生态风险需要引起高度重视。

超级生物出现：专家警告，如果基因工程作物的抗性丧失，这些特性有可能转给杂草、昆虫和病菌，产生超级杂草、超级害虫、超级细菌和超级病毒，从而给人类及生态环境带来严重危害。

健康风险

消费安全：消费者对转基因食品的接受度较低，许多人担心其可能带来的健康风险。例如，转基因食品中可能含有对人体有害的突变基因或载体基因编码的有害产物。

新型病毒：制造带有抗生素抗性基因或有产生病毒能力的基因的新型微生物有可能在人类或其他生物体内传播，带来难以预料的健康后果。

伦理道德问题

设计婴儿：基因编辑技术的广泛应用可能导致人类对基因组的任意修改，引发道德和伦理方面的担忧，例如设计婴儿的可能性让人们对未来社会的公平性和人类尊严产生疑虑。

社会和经济问题

公众担忧：公众对基因工程技术的安全性存在广泛担忧，担心其可能被滥用，造成社会不公与分化。

农民不利影响：基因工程农作物可能导致农民面临新的病虫害和除草剂使用问题，增加农业生产成本和环境压力。

综上所述，基因工程虽然在医学、农业等方面具有巨大潜力，但其负面影响也不容忽视。需要进一步加强科学研究、伦理讨论和严格的安全管理措施，以确保其健康、安全地发展。