包工程结账之所以难，主要原因可以归纳为以下几点：

合同条款不明确或不公平

工程承包合同条款本身存在法律欠缺，实际执行中往往出现不平等条约。甲方通常处于强势地位，乙方处于弱势地位，导致合同中的结算条款不清晰或不合理，给后期结算带来困难。

程序繁杂且多

一个工程项目从政府审批到业主发包，再到勘察、设计、施工单位承包和业主验收，涉及多个环节。任何一个环节出现问题，都可能导致工程款无法顺利支付。

工程质量不合格或延误工期

如果工程质量不合格或延误工期，发包方往往会拒绝支付工程款，甚至通过拖延结算来掩盖项目亏损。

材料市场价格波动

合同订立后，原材料市场价格可能出现大幅变动，导致合同一方要求变更价款而另一方不同意，从而引发争议。

签证管理不善

施工单位在追求工程质量和进度时，往往忽视了签证管理。前期低价中标后，后期需要创造盈利点时，才发现签证缺失或管理不善，导致结算困难。

层层转包和肢解工程

层层转包和肢解工程导致分包合同的法律约束力降低，每次转包都会提取相应费用，使得工程难度加大，管理难度也随之增加。

资金链紧张

施工单位为了保障项目进度，往往需要垫资施工。资金链紧张时，结算过程会更加困难。

认知局限

建设单位、施工单位和监管单位对工程结算的理解局限在工程完工后，过程结算不够重视。导致大量资料文件丢失，时间一长，取证和审计变得困难。

变更签证难

变更签证涉及金额较大，总包方和分包方在谈判过程中容易出现分歧，导致结算拖延。

法律诉讼成本高

当协商无果时，施工单位走法律途径追索工程款，但诉讼过程复杂且耗时耗力，费用高昂，且发包方往往会提出抗辩，不认可施工单位的主张。

综上所述，包工程结账难的原因是多方面的，涉及合同、管理、市场、法律等多个层面。解决这一问题需要各方共同努力，加强合同管理，完善签证流程，提高法律意识，确保工程项目的顺利进行和合理结算。