工程款的付款流程通常包括以下几个步骤：

预付款流程

施工单位提交《预付款支付申请表》给预算专员，施工单位项目经理签字确认。

预算办根据合同约定的预付比例审核预付款，签署申请表后交给财务部。

财务部再次复核，交给总经理和董事长审批，然后交给出纳安排付款。

进度款支付流程

施工单位向工程部提交进度款《工程款支付申请表》，附上已完工程的预算书，一式三份（工程部、预算办、财务部各一份），施工单位项目经理签字。

工程部审核当月完成的部位及项目及相关工程量，审核完毕由工程部经理签字后交到预算专员。

预算专员审核已完成工程量及工程预算价，确定当月完成工程造价，根据合同约定审批工程款，然后签字确认。

预算专员将进度款《工程款支付申请表》上交财务部审核。

财务部审核无误后，将进度款《工程款支付申请表》交由总经理和董事长审批。

施工单位根据审核审批通过的进度款《工程款支付申请表》中的金额开具当地建安发票，发票需按进度款《工程款支付申请表》中的工程项目分别填开。

施工单位将审核审批通过的进度款《工程款支付申请表》及相同金额的建安发票上交到财务部，财务部再次复核《工程款支付申请表》的金额是否与发票金额一致，以及核对发票的各项内容后，交到出纳处办理该款项的转付。

结算款支付流程

工程完工后，双方进行工程竣工结算，确定最终应付金额。

施工单位提交工程竣工结算报告和相关资料，预算办和工程部进行审核。

审核通过后，预算部责任人将《工程款支付审批单》提交财务部审核。

财务部审核无误后，提交给企业领导进行最终审批。

相关领导在《工程款支付审批单》上明确意见并签字。

审核完成后，财务部门通知施工单位此次付款的核定金额，施工单位必须在付款前将完税发票交财务，财务收到发票后由出纳在三个工作日内完成付款。

其他支付方式

直接支付至承包人的指定账户，这是避免纠纷的有效方式。

支付给承包人的有关人员，如财务人员、现场负责人或委托授权的其他人。

支付给特定的第三方，如材料供应商、设备租赁公司等。

建议在实际操作中，各方应严格按照合同约定和内部审批流程进行操作，确保工程款支付的安全性和合规性。