清淤工程需要办理的手续包括以下几项：
申请清淤许可证
需要向河道管理部门或环保部门申请清淤许可证，涉及立项申请、项目评审、设备委托等手续。
环保标准符合性
在清淤过程中，需要符合各项环保标准，如废物处置标准、污染物排放标准等，以确保环境保护和可持续发展。
河道勘测与方案编写
对于需要清除泥沙和沉淀物的河道，需要进行河道勘测，确定清淤时间和地点，并编写清淤方案。
招标与施工
申请招标并评选出合适的清淤公司，在获得清淤许可证后进行清淤施工。
环保措施
在清淤过程中，应考虑附近居民和环境保护的问题，并严格控制水泥及其他有污染物的填充剂的使用量。
审批与验收
清淤完成后，需要由河道管理部门及工程管理公司进行检验验收。
相关证照与资质
水库清淤需要提交营业执照复印件、企业法人身份证复印件、固定的办公场所证件等，并向县级以上地方人民政府水行政主管部门提交清淤申请书。
施工许可
水库清淤属于水利工程，需要向县级以上地方人民建设行政主管部门申请领取施工许可证。
立项手续
农村水沟清淤需要办理立项手续，根据工程规模的大小，可有县市省直至国家水利或者发展改革部门立项。
招标手续
根据工程规模的大小，通过招标选择具备施工资质的施工单位。
征迁手续
办理征迁手续，包括征占土地、清理地表附着物等。
环评材料
进行河道清淤工程需要进行环境影响评价，申请材料中需要提供环评报告和审批文件等。
施工方案和预算
申请材料中还需要包含清淤工程的施工方案和预算，包括清淤的方法、清淤区域的划分、施工期限、施工人员和设备等。
综上所述，清淤工程需要办理的手续较为复杂，涉及多个部门和多种许可，确保工程合法合规进行，同时注重环境保护和可持续发展。
