酶工程包括多种技术，这些技术主要涉及酶的改造、分离、纯化、固定化以及应用。以下是一些关键的技术：

酶突变与优化

通过定点突变、组合突变等技术优化关键酶的催化性能，提高其区域选择性和立体特异性，以适应更广泛的底物范围。

合成生物学

利用基因工程技术构建重组微生物，如重组酵母菌株，用于催化特定天然产物的合成或修饰，提高生产效率和产物纯度。

基因工程技术

用于构建表达载体、重组微生物等，实现特定酶的异源表达和优化。

高通量筛选技术

用于筛选具有优良催化性能的酶突变体，提高研发效率。

生物信息学技术

用于解析酶的结构与功能关系，指导酶的理性设计与改造。

酶的固定化技术

通过将酶包埋于凝胶、微囊体内，或通过共价键、离子键吸附连接至固相载体上，或通过交联剂使酶分子相互交联等方法使酶不溶局限在一个有限的空间内，从而使酶在批量反应中反复使用，在连续反应中连续使用或酶与产物易分离。

酶的化学修饰

通过对酶蛋白分子的主链进行“切割”、“剪切”以及对其进行化学修饰，利用化学手段将某些化学物质或基团结合到酶分子上，最终达到改变酶的某些催化特性和功能的技术过程。

酶的非水相催化

酶在非水介质（如有机溶剂介质、气体介质、超临界流体介质、离子液介质等）中进行催化反应的技术过程。

酶的定向进化

通过基因操作手段，有目的地引入新的或改变现有的遗传变异，从而在酶分子中产生新的或改进的特性，以优化其催化功能。

酶反应器

工业上按照酶工程原理，设计开发有目的的生物工程反应设备，植入工业信息反应控制程序，利用酶的催化功能进行的生物催化化学反应，生产人类需要的产品或服务于其它目的。

这些技术共同推动了酶工程的发展，使其在医药、食品、轻工业等领域具有广泛的应用前景。