工程合同质保金的退还时间主要依据合同约定和法律规定，具体如下：
按合同约定退还
当事人可以在施工合同中约定质保金的返还期限。在缺陷责任期届满后，如果承包人按照合同约定完成了施工并且工程通过了发包人的竣工验收，那么质保金将按约定退还给承包人。
未约定质保金返还期限的情况
如果施工合同中没有约定质保金的返还期限，那么质保金将在建设工程通过竣工验收之日起满二年后退还给承包人。
因发包人原因未按时竣工验收
如果因为发包人的原因导致工程无法按规定期限进行竣工验收，那么在承包人提交竣工验收报告90天后，质保金将按约定退还给承包人。
返还流程
建设单位在接到施工单位返还保证金申请后，应在14日内会同施工单位按照合同约定的内容进行核实。如无异议，建设单位应当在核实后14日内将保证金返还给施工单位。如果逾期支付，将从逾期之日起按照同期银行贷款利率计付利息，并承担违约责任。
建议
明确约定：在签订工程合同时，应明确约定质保金的返还期限和方式，以避免后续纠纷。
及时沟通：承包人应在质保期届满后及时提交返还保证金申请，并确保建设单位能够及时核实并返还保证金。
记录保存：双方应妥善保存相关施工和验收文件，以便在需要时能够证明质保金的应退还时间和金额。
通过以上规定和流程，可以确保工程合同质保金在约定的时间内得到及时返还，保障双方的合法权益。
