工程结束审计时，应注意以下几个重点事项：

风险导向审计理念

在审计计划和总结阶段，应引入风险导向审计理念，以规避审计风险。

对被审计项目进行初步了解，关注基本建设财务管理基础工作是否健全，是否编制完善的财务竣工决算报表和决算说明书，是否使用财政资金，以及是否严格执行项目财政资金预算等问题。

审计程序的合理实施

审计底稿的设计应结合实际情况，制定适合的工作底稿模板。

在审计过程中，重点关注工程造价结果的核实、是否存在舞弊行为、被审计单位的工程管理问题等。

合同和工程量审核

严格执行招投标文件和合同的规定，确保合同条款与招投标文件实质性内容一致。

审查工程量计算是否准确，防止多计、重复计算以及只计增项不减项的情况。

审核定额套用是否正确，避免高套或错套定额。

材料和设备投资审计

审查材料用量及价差，确保材料品种、规格、产地、质量符合设计标准和国家规范。

对设备投资进展审计时，结合合同设备清单及财务结算发票，审查设备选购的运杂费、保管费支付状况，以及安装费、调试费等是否包含在合同内容中。

现场签证和取费标准审核

审查签证手续是否齐全，是否有建设、施工、监理部门签字，设计变更签证是否有设计部门签字盖章及相关审批手续。

审核取费计算的基数是否符合取费文件和合同的规定，是否与投标书一致。

遵守相关规定和要求

在审计过程中，遵守相关法律法规和职业道德准则，确保审计工作的规范性和公正性。

抽查相关的记账凭证，检查是否确实发生、票据是否完整、金额是否准确、是否应由该建设项目承担、支出是否符合国家有关规定。

通过以上几个方面的细致审查，可以确保工程结束审计的全面性和准确性，有效规避审计风险，保障工程项目的合规性和质量。