工程审计中的风险评估主要包括以下几个方面：

项目前期阶段风险

立项合规性风险：审查项目立项是否符合相关政策、规划要求，有无经过正规审批流程。若立项手续不完善，可能导致项目后续推进存在合法性问题，甚至面临被叫停的风险。

可行性研究风险：对项目可行性研究报告的真实性、科学性需重点关注。部分项目可行性研究可能存在数据不准确、分析不到位的情况，使得项目实际建设中成本超支、效益未达预期等，影响审计对项目整体评估的准确性。

招投标环节风险

招标程序风险：查看招标公告发布是否合规、广泛，投标单位资质审核是否严格。若招标程序存在漏洞，比如未按规定时间发布公告，或者让不符合资质的单位参与投标，容易滋生围标、串标等不正当行为，破坏公平竞争环境，也影响工程最终质量与造价。

招标文件风险：审核招标文件条款是否清晰、合理，特别是对工程造价、结算方式、质量要求等关键内容的规定。模糊不清的条款往往会在后续施工和结算阶段引发诸多争议，增加审计工作的复杂性与难度。

合同签订与管理风险

合同条款风险：合同中关于工程价款调整、变更签证、违约责任等条款如果约定不明，双方容易在履行过程中产生分歧。例如，对于材料价格波动情况下如何调整价款没有明确约定，在材料大幅涨价时就易引发施工方与建设方的矛盾，也给审计认定带来阻碍。

审计检查风险

固有风险：即审计项目自身固有的，独立地存在于审计过程以外的，与内审人员无关的风险，如因工程的结构与设计、施工技术与时间、预决算的准确性等，给工程造价带来影响的可能性。

控制风险：即被审计项目所涉及的建设、施工、采购、监理等单位，对工程实施内部控制宽严程度而对工程造价的高低所产生影响的可能性。这种风险与内审人员的工作也无直接的关系，但对审计的结果却有着直接的影响。

检查风险：即内审人员在对工程进行实质性测试中，因自身因素影响工程造价的可能性。这种风险与内审人员、审计工作有着密切的联系。它主要取决于内审人员的职业道德和业务水平、审计重点的确定、审计方法和技术手段的运用、审计成本的投入等因素。

社会稳定风险评估

社会稳定风险评估：是指在对密切关系人民群众切身利益的重要政策、重大工程项目以及与社会公共秩序相关的重大活动等重大事项决策前，对可能影响社会稳定的因素进行调查、分析、预测和评估，制定风险应对预案，有效规避、预防、控制决策实施过程中可能产生的社会稳定风险的工作。在政府投资审计中，尤其是涉及征地拆迁、社会保障等公共利益的重大工程建设项目，应重点关注社会稳定风险评估情况，旨在促进规范评估工作、推动风险评估提质增效、提高决策水平，保障重大政府投资项目有序、顺利实施。

建设方与施工方利益冲突的风险

利益冲突风险：出于维护自身利益的原因，建设方要求较低的建设成本，施工方则要求较高的施工利润，对情况介绍带有片面性，对合同及有关签证理解不一，导致审计方对问题做出错误判断和计算，若有一方不服，审计方必然要承担由此产生的风险。

综上所述，工程审计中的风险评估涉及项目前期、招投标、合同管理等多个环节，需要审计人员全面考虑各种潜在风险，并采取相应的措施进行规避和应对。