哈尔滨工程大学（哈工程）在多个专业领域具有显著优势，以下是一些被广泛认为最好的专业：

船舶与海洋工程：

这是哈工程的王牌专业，也是国家级特色专业。该专业在2017年入选“双一流”学科，并在国家第四轮学科评估中获评A+，国际评估获评“世界上该领域最有实力的学科之一”。

核科学与工程：

这个专业虽然听起来高深，但就业方向非常广，包括核电站、核工业、核医学等。毕业生非常抢手。

自动化：

自动化专业应用范围广泛，从传统的工业控制到新兴的机器人技术，毕业生可以在各种制造业和自动化设备公司找到工作。

计算机科学与技术：

计算机专业实力强，毕业生就业率高。

能源与动力工程：

该专业也是哈工程的王牌专业之一，涉及海军装备和海洋工程等领域。

轮机工程：

轮机工程专业在船舶与海洋工程中占据重要地位，也是国家级一流本科专业建设点。

水声工程：

水声工程属于电子信息类，是国家针对未来海洋开发及海军建设的迫切需求而批准的战略性新兴产业，学科在教育部历次学科评估中均排名第一。

核工程与核技术：

该专业是全国高校特色专业、国防特色重点专业，在核工程类专业中第一个通过工程教育认证。

测控技术与仪器：

这个专业在国防和工业控制领域有广泛应用。

信息对抗技术：

该专业在信息安全和国防领域具有重要地位。

综上所述，哈尔滨工程大学在船舶与海洋工程、核科学与工程、自动化、计算机科学与技术、能源与动力工程、轮机工程、水声工程、核工程与核技术、测控技术与仪器、信息对抗技术等专业方面具有明显优势，这些专业不仅学术实力强，而且就业前景广阔。建议学生在选择专业时，可以根据自己的兴趣和职业规划，优先考虑这些专业。