工程企业确认收入主要依据以下方面：

合同款项的实际到账

工程收入的确认首要依据是合同款项的实际到账情况。只有当客户按照合同条款支付相应的款项，并经过企业财务部门确认收款后，该部分款项才能作为工程收入进行确认。这不仅保证了企业的资金流动，也是确保工程项目能够顺利进行的重要保障。

工程完成度的确认

除了合同款项的实际到账，工程完成度也是确认工程收入的重要依据。在某些情况下，工程项目可能分阶段进行，并按照工程进度进行款项的支付。因此，企业需要依据工程项目的设计、规划和合同内容，评估项目的完成程度，并结合合同约定的支付比例来确认相应的工程收入。这种确认方式有助于企业合理反映各阶段的收入情况，便于财务管理和成本控制。

其他辅助依据

在某些特定情况下，还可能涉及其他辅助依据来确认工程收入。例如，可能存在工程变更、索赔等额外收入的情况。对于这些额外收入，企业需要根据合同条款、相关证明文件以及实际情况进行合理确认。此外，企业还需要考虑与工程相关的其他成本和费用，以确保收入的确认更为准确和合理。

完工百分比法

根据工程进度和实际完成情况进行评估，通常采用百分比完成法或完工百分比法来确认收入。根据工程进度，按照已完成工作的百分比计算收入，并将其确认为收入。确认工程收入时，还需要考虑任何可能的风险和损失，并进行相应的准备。

工程进度和实际履约情况

建筑施工企业应根据工程进度和实际履约情况，合理确定工程款的收入实现程度。一般情况下，可以采用以下方法进行确定：

百分比完工法：根据工程进度百分比，按比例确认工程款收入。

工程量计量法：根据完成的工程量计算工程款收入。

实际成本法：根据实际成本计算工程款收入。

合同条款和结算方式

工程企业应按照合同约定的价格计算工程款收入，如合同约定不明确，应根据实际履约情况，结合市场价格和成本情况，合理确定工程款的收入金额。此外，工程结算收入的确认应遵循实时入账的原则，分为会计上确认收入和税收上确认收入两部分。

综上所述，工程企业确认收入主要依据合同款项的实际到账、工程完成度、其他辅助依据、完工百分比法、工程进度和实际履约情况，以及合同条款和结算方式。这些依据共同确保了收入确认的准确性、合理性和及时性。