Java工程师可以使用以下工具：

JIRA：

用于项目与事务跟踪，特别是敏捷开发方法如Sprint和Scrum。

Spock：

一个适合Java和Groovy应用程序的测试框架。

Eclipse：

一个开源的、基于Java的可扩展开发平台，具有强大的插件支持。

Xshell：

一个强大的终端模拟器，支持SSH、SFTP、TELNET等，用于访问远程服务器。

Notepad++：

一个用于编辑XML、脚本和记笔记的工具，具有残留文档功能。

JDK：

Java开发工具集，包含Java的运行环境、工具和类库。

XML Marker：

一个XML编辑器，用于显示XML数据的层次结构和表格。

Jad：

用于反编译Java类。

SparkJava：

一个用于Java Web应用的轻量级框架。

jClarity：

包含illuminate用于性能监控和census用于日志收集和分析。

Clover：

一个代码重写工具，用于应用测试。

jProfiler：

一个性能分析工具，用于解决性能瓶颈和线程问题。

Visualvm：

一个集成了多个JDK命令行工具的可视化工具。

Git：

一个版本控制系统，用于代码的版本管理和协作。

Maven：

一个项目管理工具，用于构建、测试和部署Java应用程序。

Spring framework：

一个开源的Java应用程序框架，用于构建企业级Java应用程序。

IntelliJ IDEA：

一个功能丰富的Java IDE，提供智能代码编辑、重构工具和性能分析器。

NetBeans：

一个开放源代码的综合性开发工具，支持多种编程语言和平台。

Jupyter Notebook：

一个交互式的开发环境，支持Java编程，便于代码可视化和实验。

这些工具可以帮助Java工程师提高开发效率、测试质量和系统性能。根据个人习惯和项目需求，可以选择合适的工具进行开发。