工程亏损的原因是多方面的，既包括客观原因也包括主观原因。以下是一些主要原因：

客观原因

中标价格过低：为了获得中标，一些施工单位采取低价策略，导致中标价格低于成本，从而造成亏损。

地质及气候的变化：地质变化可能导致施工时间延长，机械使用费减少，而人工费、材料费和间接费增加，影响总成本。气候变化如冬、雨季施工也会增加额外费用。

设计变更：工程的各项设计变更会导致成本变化，影响项目部的总成本，如发包单位增加工程数量、延长或缩短施工工期、改变施工方案等。

企业新增要求：企业有时会在施工中增加额外要求，如组织大战或达到某个质量标准，导致人员、设备投入增加和材料浪费。

施工组织设计欠合理：投标与施工现场实际存在差异，施工组织设计在实施时存在不合理现象，如人员、材料、设备计划和安排出现误差，导致成本费用增加。

息工：工程任务衔接不上或其他原因导致息工，若息工时间较长，费用数额较大且企业不予核销，也会形成亏损。

主观原因

严重的质量问题：亏损严重的项目部通常存在严重的质量问题，导致返工、修复、推倒重来等重复施工现象，增加工程成本。

施工安排不合理：不能合理配置人力、材料、设备等资源，导致窝工浪费。

预算不准或不会预算：预算做的不准或不会预算，导致实际成本超出预期，造成亏损。

隐形成本太多：图纸现场看了后初步一算，看似有利润，但实际中区间费、代班工资等隐形费用导致成本增加。

人际关系处理不当：不会处理与监理、总包、项目经理等的关系，导致进度不顺畅，影响收款。

资源配置不合理和管理混乱：资源配置不合理和管理混乱会导致项目进度延误、成本增加等问题。

内部矛盾：合伙人之间的内部矛盾，精力内耗，不再专注于项目推进。

政策变动和总包方问题：政府政策调整或总包方决策失误可能导致工期延长或成本增加。

安全事故：安全事故不仅影响人员安全，还会增加额外支出，影响项目利润。

建议

严格成本控制：项目部应制定详细的成本控制目标，并在项目实施过程中严格执行，确保成本在可控范围内。

合理中标：在投标时应充分考虑各种因素，避免低价中标导致后续成本无法控制。

加强设计变更管理：对设计变更进行严格管理，尽量减少变更带来的额外成本。

优化施工组织设计：根据现场实际情况调整施工组织设计，确保资源合理配置和高效利用。

加强人际关系协调：处理好与监理、总包、项目经理等各方的关系，确保项目顺利进行。

关注政策动态：及时关注相关政策变化，做好索赔准备，减少因政策变动带来的损失。

强化安全管理：严格遵守安全规范，防止安全事故发生，避免因安全事故带来的额外经济负担。

通过以上措施，可以有效降低工程亏损的风险，提高项目的经济效益。