工程缺陷的补偿方式主要包括以下几种：

无偿修理或返工、改建

根据《中华人民共和国民法典》第八百零一条，如果因施工人的原因导致建设工程质量不符合约定，发包人有权要求施工人在合理期限内无偿修理、返工或改建，并承担逾期交付的赔偿责任。赔偿金额通常包括损失金额、维修费用等合理支出以及因质量问题所导致的损失产生的利息和利润等。

最小成本弥补损失

对于人为原因造成的质量缺陷，在工程未完工或正在进行中，可以通过评估偷工减料或施工不严谨部位，采用最小成本进行修缮。同时，对主观原因造成工程质量瑕疵的相关人员应予以惩戒或罚款。

误工赔偿

因承包人的原因导致建设工程在合理使用期限内造成人身损害和财产损失，承包人应当承担赔偿责任。此外，因发包人的原因导致工程中途停建、缓建，发包人应采取措施弥补或减少损失，赔偿承包人因此造成的停工、窝工、倒运、机械设备调迁、材料和构件积压等损失和实际费用。

损害赔偿

如果工程质量经竣工验收后不合格且可修复，修复费用由承包人承担，发包人应支付工程款。如果不可修复，发包人可不支付工程款并可要求相应的损害赔偿。此外，如果因承包人的原因造成建设工程质量不符合约定，承包人拒绝修理、返工或改建，发包人请求减少支付工程价款的，人民法院应予支持。

责任方承担损失

过错方应当赔偿对方所受的所有损失。发包人和承包人应根据各自的过错承担相应的赔偿责任。例如，如果建设工程不合格，首先由承包商出钱进行修复，然后可以要求检验是由承包方的过错还是发包方的过错，由过错方来赔偿对方相应所得到的损失，再由过错方出资进行重新修复或重新建设。

综上所述，工程缺陷的补偿方式包括无偿修理或返工、改建、最小成本弥补损失、误工赔偿、损害赔偿以及责任方承担损失等。具体采用哪种方式，需根据实际情况和相关法律法规进行判断和选择。