在建工程审计的主要内容包括以下几个方面：

确认在建工程的真实性：

审计师需核查在建工程是否实际存在，且属于企业所有。通过现场勘查、查阅相关合同与文件，确保在建工程项目与企业财务记录相匹配，防止虚假记录或非企业资产被计入在建工程。

审查增减变动的完整性和准确性：

审计过程需关注在建工程的增减变动记录，确保所有变动都已准确记录，且符合企业会计政策和相关法规。审计师需检查是否存在挤占或漏记在建工程成本的情况，以确保企业财务数据的真实性和完整性。

验证已完工程的交付和竣工决算：

已完工的在建工程应按规定程序办理交付使用手续，并进行正确的竣工决算。审计师需审查这些手续是否合规，决算是否准确，以确保企业资产的完整性和财务报表的准确性。

核对年末在建工程余额的正确性：

年末时点，审计师需核对在建工程的账面余额是否与实际情况相符。同时，需检查在会计报表中反映的在建工程余额是否恰当，确保财务报表的公允反映企业资产状况。

获取或编制在建工程明细表，复核加计正确，并与报表数、总账数和明细账合计数核对相符。

检查本期在建工程增加、减少数，了解在建工程相关预算、结算、决算资料，在建工程核算政策、相关工程合同、协议等法律文件；检查在建工程交付使用、竣工、完工情况及工程进度等。

检查在建工程期末余额的构成内容，并实地观察工程现场，确定在建工程是否存在。

查询工程项目投保、抵押情况。

确定在建工程在资产负债表上的披露是否恰当。

审查工程完工结转工程实际成本的情况，审查确认工程报废和毁损、试运转业务、工程借款费用核算和缴纳固定资产投资方向调节税的合法性，查明乱挤或记错工程成本及相关帐户的情况，审查确证工程成本结转和借款费用资本化的截止日的正确性。

对建设项目的投资立项、工程管理、造价管理、竣工验收等审计，改造、维修及零星工程审计以开展工程造价审计为主。

技术经济审查、项目过程管理审查与财务审计相结合，事前审计、事中审计和事后审计相结合。

审计建设项目的审批文件，包括项目建议书、可行性研究报告、环境影响评估报告、概算批复、建设用地批准、建设规划及施工许可、环保及消防批准、项目设计及设计图审核等文件是否齐全。

审计建设项目的资金来源是否落实到位，是否合理、是否专户存储，建设资金能否满足项目建设当年应完成工作量的需要。

审计合同履行情况，审计内控制度建立、执行情况。

关注工程质量、安全和进度内部管理制度的建立健全情况，并对实体质量、相关管理措施等进行现场抽查。

这些内容共同构成了在建工程审计的全面框架，旨在确保企业财务信息的真实性、合规性，并真实反映企业的资产状况。