工程索赔的计算方法主要有以下几种：

总费用法

计算出索赔工程的总费用，然后减去原合同报价，得到索赔金额。这种方法简单但可能不够合理，因为实际完成工程的总费用可能包括承包人自身原因导致的不合理费用，同时原合同价也可能因为工程变更等原因不能准确反映实际工程成本。

修正的总费用法

修正总费用法是对总费用法的改进，计算时只计算受影响时段内的某项工作所受影响的损失，而不是全部工作项目的费用。此外，它还会重新核算投标报价费用，以更合理地反映实际增加的费用。

实际费用法

根据索赔事件所造成的损失或成本增加，按费用项目逐项进行分析、计算索赔金额。这种方法依据的是实际发生的成本记录或单据，因此在施工过程中需要系统而准确地积累记录资料。

分项法

按照每个索赔事件所引起损失的费用项目分别分析计算索赔值，然后将各费用项目的索赔值汇总，得到总索赔费用值。这种方法适用于索赔事件较多且复杂，难以准确进行分项记录和收集资料的情况。

按合同约定计算法

当合同中明确了索赔的计算方法时，应按合同约定计算索赔值。这种方法主要适用于工期延误索赔，计算公式通常为：误期赔偿额 = 误期日历天数 × 合同总额 × 每天的赔偿比例。

协商法

如果施工单位的施工质量不符合合同要求，但经过返修或加固后仍能满足安全使用要求，建设单位可以与施工单位协商确定折价接收工程的额度。

在选择具体的索赔计算方法时，应综合考虑工程的具体情况、证据的充分性以及合同的约定。实际费用法因其依据实际发生的成本记录，通常被认为是较为准确的方法，但在某些情况下，如难以获取完整实际记录时，总费用法或修正的总费用法也可能被采用。