工程制药学主要学习 制药工程领域知识，包括有机化学、物理化学、化工原理、药物合成化学、制药工艺学、药物化学、药理学、药剂学、生物化学等方面的基本理论和基本知识。此外，学生还会受到化学与化工实验技能、工程实践、计算机应用、科学研究与工程设计方法等方面的基本训练，从而具备从事医药产品的开发与生产的基本能力。
具体课程包括但不限于：
有机化学
物理化学
化工原理
药物合成化学
制药工艺学
药物化学
药理学
药剂学
生物化学
毒理学
制药专业设备
制药分离工程
药物分析
制药装备与车间设计
药事管理学
药品营销
天然药物化学
应用光谱解析
药用高分子材料
制药过程安全与环保
此外，部分中药制药学科还包括药用植物学、中药学、方剂学、中药化学、中药药剂学、中药制剂分析、中药药理学等内容。部分农药制药工程学科则需要学习植物学、农药学等相关课程。
通过这些课程的学习，制药工程专业的学生能够掌握药物研发、生产、质量控制和推广的基本原理和方法，了解药物从实验室研究到上市销售的全过程，并具备进行药品工业化生产、全程质量管理及各类药品检验分析的基本能力。毕业生可以在医药、农药、精细化工和生物化工等部门从事医药产品的生产、科技开发、应用研究和经营管理等工作。
