工程审计的费用主要包括以下几部分：

基本审计服务费

基本审计服务费通常是按照工程总投资额的一定比例计取，范围在1‰至3‰之间。例如，一个100万元的工程，基本审计服务费可能是2.5‰（即2500元）加上审减额（如果有的话）的审计费。

审减（增）额审计费

审减额审计费是根据审减的金额（减去允许的差额）来计算的。例如，一个100万元的工程，如果审减额为10万元，允许差额为5万元，那么审减额审计费为（10万-5万）× 0.07% = 350元。

竣工财务决算审核费用

竣工财务决算审核费用包括基本付费和审减付费两部分。基本付费按项目送审额或工程造价分档累进计算，审减付费按审减额及送审额对应的付费比例核算。如果计算结果低于3000元，则按3000元收取。

跟踪项目费用

对于需要跟踪的决算审查项目，除了上述标准收费外，还会根据跟踪时点的工作记录，按照劳务费标准额外收取跟踪审查费用。如果项目费用不足5000元，则按5000元计费。

其他费用

如果只委托做初步设计或施工图设计，则按照行业划分设计工作量各占的比例并乘以1.1的系数计算收费。如果增加编制施工图预算，则按工程设计收费标准乘以1.1系数计算收费。

附加费用

对于工程量的审核、材料价格的审核等，可能会产生额外的费用，这些费用通常根据具体的工作量和复杂程度来确定。

需要注意的是，具体的收费标准可能会因地区和审计机构的不同而有所差异。此外，审计服务费用应由建设单位承担，并在工程投资中作为单独一项进行列支。

建议在实际操作中，具体费用可以根据项目的实际情况、地区差异以及审计机构的服务内容进行详细咨询和协商。