工程审计架构主要包括以下几个方面：

工程项目管理审计

包括项目计划审计、项目执行审计、项目控制审计和项目收尾审计。这四个部分相互连接，构成了项目管理审计的完整流程。

工程审计内容理论框架

由工程审计对象、工程审计主题、工程审计业务类型、工程审计标的和工程审计载体组成的多层级体系。工程审计对象是工程类经管责任，包括工程财务责任和工程业务责任，这些责任可以落实到工程财务信息、工程业务信息、工程行为和工程制度这四类审计主题上。

工程审计类型

包括工程造价审计和竣工财务决算审计。造价审计一般是对单项、单位工程的造价进行审核，其审计过程与乙方的决算编制过程基本相同，即按照工程量套定额。工程决算审计的范围包括政府性投资的建设项目，一律要进行工程决算审计。

审计组织体系

包括国家审计、内部审计和社会审计三部分。这三种审计工作都有权依法独立分别在不同的范围内进行审计活动。

建筑工程审计内容

包括建设项目开工前阶段和施工阶段的审计。开工前阶段审计内容包括建设项目的审批文件、资金来源是否落实到位、是否合理、是否专户存储等。施工阶段审计内容包括合同履行情况、内控制度建立及执行情况等。

建设项目内部审计内容

包括对建设项目的投资立项、工程管理、造价管理、竣工验收等审计。改造、维修及零星工程审计以开展工程造价审计为主。

综合以上内容，工程审计架构是一个多层次、多维度的体系，涵盖了从项目计划到竣工财务决算的各个阶段，涉及审计对象、主题、业务类型、标的和载体等多个方面，并且包括国家审计、内部审计和社会审计等多种审计组织形态。